Microbiome : parler d’un écosystème plutôt que d’une liste de microbes

Notre corps héberge des communautés de microorganismes dont la composition varie selon les sites et les personnes. Le microbiome désigne, selon les usages, leurs génomes et plus largement cet ensemble biologique dans son environnement.

Figure 1. The first and second phases of the NIH Human Microbiome Project. Illustration externe de contexte ; elle ne représente pas des résultats produits pour cet article. Auteur/crédit : Lita M. Proctor et al. Licence : CC BY 4.0. Source : Wikimedia Commons — fiche originale. Attribution : Lita M. Proctor et al. Image non modifiée ; affichage redimensionné.

Une diversité de fonctions

Certains microorganismes participent à la transformation de composés alimentaires et interagissent avec les tissus et le système immunitaire. Leurs effets dépendent du contexte et des relations entre espèces. Une liste de noms ne décrit donc pas à elle seule le fonctionnement d’une communauté.

L’association n’explique pas tout

Une différence de composition entre deux groupes peut être liée à l’alimentation, aux médicaments, à l’âge ou à la maladie elle-même. Elle ne prouve pas qu’un microbe isolé cause le phénomène étudié.

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Demandez quels échantillons ont été prélevés, quelle méthode a été utilisée et quels facteurs ont été pris en compte. L’abondance relative est également importante : une proportion peut changer sans que la quantité absolue du microorganisme suive le même mouvement. La prudence améliore ici la compréhension biologique. 

Référence de la figure

[Figure 1] Lita M. Proctor et al. The first and second phases of the NIH Human Microbiome Project. Wikimedia Commons. CC BY 4.0. Consulté le 2026-10-21. Source/crédit original : https://www.nature.com/articles/s41586-019-1238-8.